Rektal ozon uygulamasında, ozon içeren bir gaz karışımı veya sıvı formu rektal yoldan uygulanır. Uygulama sırasında ozonun bağırsak mukozası ile temas etmesi sağlanır. Bu yöntem, bazı tamamlayıcı uygulama ve wellness programlarında kullanılan yöntemler arasında yer almaktadır.

Uygulama, uygun hijyen ve mahremiyet standartları gözetilerek sağlık profesyonelleri tarafından gerçekleştirilir. Seans planı ve uygulama sıklığı bireysel değerlendirme doğrultusunda belirlenir.